Stoper ve sol bek mevkinde görev yapan futbolcu, üç kez üst üste Galatasaray altyapısında şampiyonluk yaşayıp, Galatasaray A takımına yükseldi. 1.85 cm boyunda ve sol ayaklı olup, eski Galatasaraylı futbolcu Sefer Karaer'in oğludur. Sefer Karaer 1981-1986 yıllarında Galatasaray'da futbol oynamıştır.

Galatasaray'ın Manisaspor'dan Hakan Balta'yı transfer etmesinden dolayı Anıl Karaer, sözleşme gereği Aydın Yılmaz'la beraber 2007-2008 sezonunda kiralık olarak bir seneliğine Vestel Manisaspor'a verildi.

Burada uyum sorunu yaşamasında dolayı yarim sezon sonra Galatasaray'a geri döndü ve sezonun ikinci yarısında Çaykur Rizespor'a kiralık verildi. 2008-2009 sezonunda MKE Ankaragücü takımına kiralandı burada sözleşmesini birkaç hafta ardından feshettirdi ve sezonun kalan bölümünü Galatasaray'ın ara takımı olan Beylerbeyi SK'da geçirdi.

2009-2010 sezonunda bonservisi ile Adanaspor'a transfer oldu. Adanaspor'da uyum sorununu yaşamadan ilk 11'de düzenli olarak oynamaya başladı ve ilerleyen zamanla takımın en önemli oyuncuları arasına girdi. İlk sezonunda 1. Lig'in en iyi onbirine seçilerek ve ödüllendirildi.

5 Ocak 2012 tarihinde Kardemir Karabükspor ile 2,5 yıllık sözleşme imzaladı.

8 Haziran 2014 tarihinde, Kayseri Erciyesspor ile 3 yıllık sözleşme imzaladı.

9 Ağustos 2015 tarihinde, 3 yıllığına Eskişehirspor ile sözleşme imzalad

31 Mayıs 2016 tarihinde Kayserispor ile anlaşma sağlanmıştır

10 kez millî takımlara çağrılan Anıl Karaer, 1 kez Türkiye U-17, 9 kez de Türkiye U-19 forması olmak üzere toplam 10 kez millî formayı giydi.

Bir dönem Kayserispor'da forma giyen Sefer Karer'in oğlu.